На основании постановления Правительства Республики Таджикистан от 1 октября 2008 года за № 491 о реорганизации Государственного унитарного авиационного предприятия «Таджик Эйр» было создано ГУП «Таджикаэронавигация», которое в соответствии с уставом предприятия открыло свои филиалы в городах Худжанд, Куляб и Бохтар.

Филиал ГУП «Таджикаэронавигация» был создан в городе Худжанде 1 марта 2009 года и считается одним из самых крупных филиалов предприятия. Организационная структура филиала состоит из вспомогательного персонала, службы обслуживания воздушного движения, службы радиотехнического обеспечения полетов и авиационной электросвязи и метеорологической станции гражданской авиации.

 Служба обслуживания воздушного движения является одной из структур предприятия и обеспечивает безопасность и регулярность полетов воздушного транспорта в Согдийской области и в аэропорту Худжанда, который состоит из гражданского сектора вспомогательного районного центра Единой системы организации воздушного движения, диспетчерского пункта системы посадки, аэродромного диспетчерского центра, пункта диспетчера старта и руления и брифинг-офиса. Только в 2023 году служба обслуживания воздушного движения обслужила более 12 700 воздушных судов. В процессе работы персонал службы взаимодействуют со службой аэропорта Худжанд и смежными органами обслуживания воздушного движения аэропортов Ташкент, Наманган и Душанбе.

Служба радиотехнического обеспечения полетов и  авиационной электросвязи филиала предприятия состоит из узла «радиолокации и радионавигации», узла «авиационной электросвязи» и группы обслуживания метеорологического оборудования. В состав узла радиолокации и радионавигации (РЛ РН) входят объекты центра радиотехнического обеспечения, DME, объект отдельной приводной радиостанции «Уротеппа» и удаленные станции МЛАТ. Основной задачей узла радиолокации и радионавигации является обеспечение правильной работы и использование радиолокационного оборудования, такого как многопозиционная система, автоматическая система отображения «Мастер», многоканальная автоматическая система регистрации SMAR-T, оборудование солнечных и дизельных источников питания. Кроме того, данный узел отвечает за эксплуатацию и использование радионавигационных средств, таких как дальномеры DME-2020, приводные радиостанции АРМ -120МА и узел авиационной электросвязи (АЭС), состоящие из объектов центра коммутации связи, радиобюро и центра приема волн. Основными задачами узла являются обеспечение работоспособности и правильного использования средств связи, таких как система речевой связи «FREQUENTIS», специальные авиационные радиостанции «I-com», «Rohde & Schwarz», система центра коммутации связи «Monitor», организация и обслуживание оптической связи, телефонных, телеграфных и цифровых линий. Вместе с тем в состав узла связи входит группа обслуживания метеорологического оборудования, которая отвечает за обеспечение работы метеорологического оборудования линии полета «VAISALA», системы MeteoExpert, Gismeteo, Liana, ATIS. Специалисты и рабочие подразделения принимают непосредственное участие во всех работах по монтажу, ремонту, демонтажу и подключению технического оборудования и инструмента, оргтехники и бытового оборудования.

 Первая метеорологическая станция в Республике Таджикистан была создана в XIX веке во времена правления Александра II в 1866 году, а в советский период все метеорологические наблюдения были возложены на Комитет по гидрометеорологии. Основная цель - наблюдение за ветром, формой ветра, направлением ветра, температурой воздуха, осадками, атмосферным давлением. Наблюдения ведутся ежедневно.

До 2009 года Худжандская метеорологическая станция входила в состав Гидрометеорологического комитета Таджикистана. В мае 2009 года по договору с Гидрометеорологическим агентством Худжандская станция вошла в состав ГУП «Таджикаэронавигация» филиал в г. Худжанде. В настоящее время в целях улучшения обслуживания Худжандская метеорологическая станция гражданской авиации (МСГА) подключена к системе ATIS, которая транслирует погодные условия.

 Следует отметить, что сотрудники этой станции регулярно проходят обучение и получают дипломы и сертификаты.